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問題解析:熒光定量PCR反應(yīng)結(jié)束無擴增曲線
熒光定量 PCR反應(yīng)結(jié)束無擴增曲線出現(xiàn)這個問題的常見原因,主要可以歸結(jié)為以下幾種:
反應(yīng)循環(huán)數(shù)不夠:一般建議設(shè)置循環(huán)數(shù)為 40。
程序中未設(shè)置信號采集步驟:注意,兩步法擴增程序一般將信號采集設(shè)置在退火延伸階段;三步法擴增程序應(yīng)當(dāng)將信號采集設(shè)置在 72 度延伸階段。
引物降解:長時間未使用的引物應(yīng)先通過 PAGE 電泳檢測完整性,以排除引物降解的可能性。
模板濃度太低:這個大家減少稀釋度重復(fù)實驗就可以了,一般來說,未知濃度的樣品先從最高濃度做起。
模板降解:無解,請重新制備模板,可以重復(fù)實驗。
溶解曲線形狀異常
(1)雜峰在主峰之前,Tm 約為 70 - 75℃——一般為引物二聚體
這種情況主要有三個解決方法:
重新設(shè)計引物;
雜峰為引物二聚體,熒光定量 PCR引物二聚體主要是由于體系內(nèi)引物與引物糾纏比引物與模板結(jié)合更容易導(dǎo)致的,可以嘗試提高模板濃度、退火溫度或者降低引物濃度來進行改善;
另外,當(dāng)目的基因表達量極低時,染料法容易形成引物二聚體產(chǎn)物影響實驗結(jié)果,此時,建議使用探針法定量。
(2)雜峰在主峰之后,非引物二聚體
上圖這種情況就是非特異性擴增,可能是引物特異性不好引起的,也可能是空氣中有氣溶膠污染所導(dǎo)致。
大家可以先增加退火溫度再試試看,如果沒有改善,那么就需要重新更換引物啦。
為了避免這種麻煩,BUNSEN本生小編建議大家在進行熒光定量 PCR實驗之前,就對自己的引物做一個特異性驗證。另外,每次試驗的 NTC(no template control)是一定要做的。
(3)只有引物二聚體,無目的條帶
如果擴增片段過短(小于 80bp),那么僅通過融解曲線就很難區(qū)分引物二聚/目的條帶。
另外,也有可能是 熒光定量 PCR 擴增效率低或者沒有擴增,體系里邊只有引物糾纏成的二聚體了。
總之,產(chǎn)物長度建議大家還是設(shè)置在 100 - 200 bp,不要太短了。
注:以上資料僅供參考!
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